Το Εθνικό Μουσείο του Τόκυο συνεστάθη το 1872. Είναι το παλαιότερο και πλουσιότερο σε εκθέματα μουσείο της Ιαπωνίας.
Το αρχικό μουσείο κατεστράφη το 1923 από τον Μεγάλο σεισμό του Κάντο και το κτίριο ανηγέρθη εκ νέου την δεκαετία του 1930 υπό την επίβλεψη του μηχανικού Τζιν Ουατανάμπε. Το Μουσείο σύγκειται από έξι (6) αυτοτελή κτίρια. Στο κτίριο Honkan εκτίθεται η μεγαλύτερη συλλογή της εθνικής Ιαπωνικής Τέχνης παγκοσμίως, τα εκθέματα της οποίας είναι από το 10.000 π.Χ. (!) μέχρι τον 19ο αιώνα.
Τα μουσειακά εκθέματα σχετίζονται με την υπέροχη αρχαία ιαπωνική Τέχνη και Παράδοση αλλά και με την ασιατική τεχνοτροπία γενικότερα. Μεταξύ άλλων εκτίθενται πανοπλίες, ξίφη, ανδριάντες, γλυπτά, είδη κεραμικής, παραδοσιακά προσωπεία κ.α.
Στα υπόλοιπα κτήρια υπάρχουν συλλογές από την Κίνα, Κορέα, κεντρική και νοτιοανατολική Ασία, την Αίγυπτο, συλλογές με θρησκευτικά εκθέματα από ιαπωνικούς ναούς, αρχαιολογικά ευρήματα κ.α. Το πιο σύγχρονο κτήριο είναι το Kuroda Memorial Hall με έργα του Κουρόντα Σέικι (1866-1924), του ζωγράφου που θεωρείται ο πατέρας της ιαπωνικής δυτικότροπης ζωγραφικής.
Ξεχωριστό ενδιαφέρον στο Εθνικό Μουσείο του Τόκιο παρουσιάζουν οι προσωρινές εκθέσεις με ευρεία και πολύ ενδιαφέρουσα θεματολογία. Σημαντικές εκθέσεις για την Ελλάδα που έχουν φιλοξενηθεί στις αίθουσές του είναι το 2003 η μεγάλη έκθεση «Αλέξανδρος ο Μέγας: Πολιτιστικές επαφές Ανατολής- Δύσης, από την Ελλάδα στην Ιαπωνία» και το 2016 η έκθεση «Ταξίδι στη Χώρα των Αθανάτων – 4000 χρόνια Ελληνικών Θησαυρών».
